均一グリッドを作成

値の3D NumPy配列から単純な均一グリッドを作成します．

import numpy as np
import pyvista as pv

各軸がXYZデカルト軸に対応する空間データを保持するデータ値の3 D NumPy配列を取ります．この例では，値の3 D NumPy配列をプロットできる3 Dグリッドの空間参照を保持する pyvista.ImageData を作成します．

空間的に参照されるデータの3 D NumPy配列を作成します．これは，グリッドが (20, 5, 10), (nx, ny, nz) であるように空間的に参照さます．

values = np.linspace(0, 10, 1000).reshape((20, 5, 10))
values.shape

ImageDataの作成

grid = pv.ImageData()

CELLデータに値を注入したいので，グリッドの寸法を shape + 1 に設定します．

grid.dimensions = np.array(values.shape) + 1

空間リファレンスを編集する．

grid.origin = (100, 33, 55.6)  # The bottom left corner of the data set
grid.spacing = (1, 5, 2)  # These are the cell sizes along each axis

セルデータにデータを代入します． ImageData オブジェクトのデータは必ずFortranオーダリングを使用して平坦化します．

grid.cell_data["values"] = values.flatten(order="F")
grid

さて，グリッドをプロットしてみましょう!

grid.plot(show_edges=True)

セルデータが嫌いですか？NumPyの配列を pyvista.ImageData の点データに追加することもできます．初期化時にグリッドの寸法を設定する際に，微妙な違いに注意してください．

# Create the 3D NumPy array of spatially referenced data again.
values = np.linspace(0, 10, 1000).reshape((20, 5, 10))
values.shape

PyVistaオブジェクトを作成し，上記と同じように属性を設定します．

grid = pv.ImageData()

# Set the grid dimensions to ``shape`` because we want to inject our values on
# the POINT data
grid.dimensions = values.shape

# Edit the spatial reference
grid.origin = (100, 33, 55.6)  # The bottom left corner of the data set
grid.spacing = (1, 5, 2)  # These are the cell sizes along each axis

セルデータにデータ値を追加する

grid.point_data["values"] = values.flatten(order="F")  # Flatten the array!
grid

さて，グリッドをプロットしてみましょう!

grid.plot(show_edges=True)

演習

それでは，3D NumPyの配列から，あなた自身の pyvista.ImageData を作ってみましょう!

help(pv.ImageData)

numpy.random.random() を使って3Dデータを生成します．ここでは，ご自分の3D numpy配列を自由に使ってください．

arr = np.random.random((100, 100, 100))
arr.shape

クラス :pyvista.ImageData を作成します．

注釈

おそらく Fortran-ordering で配列を ravel する必要があります: arr.ravel(order="F") とします．

vol = pv.ImageData()
# Set attributes and data

ImageDataのプロット

vol.plot()

例

PyVista には ImageData を使う例がいくつかあります．

ボリュームレンダリング の詳細については，PyVistaのドキュメントを参照してください

以下にデータセットの例を挙げます:

from pyvista import examples

vol = examples.download_knee_full()

p = pv.Plotter()
p.add_volume(vol, cmap="bone", opacity="sigmoid")
p.show()

vol = pv.Wavelet()
vol.plot(volume=True)