基本的な使い方のレッスン

基本的な使い方のレッスン#

このセクションでは， pyvista.examples.downloads モジュールと外部ファイルを使用して，PyVistaで3Dデータを読み取り，プロットする方法を説明します．

import pyvista as pv
from pyvista import examples

# Set the default plot theme to the "document" theme.
# pv.set_plot_theme('document')

既存データの活用#

PyVistaにデータを取り込む方法は主に2つあります．ゼロから自分で作成するか，互換性のあるファイルフォーマットのいずれかからデータセットを読み込むかです．これから始めるので，ファイルをロードしてみましょう．

# If you have a dataset handy, like a surface model, point cloud, or VTK file,
# you can use that. If you don't have something immediately available, PyVista
# has a variety of files you can download in its `pyvista.examples.downloads
# <https://docs.pyvista.org/api/examples/_autosummary/pyvista.examples.downloads.html>`_
#


dataset = examples.download_saddle_surface()
dataset

PolyData	Information
N Cells	5131
N Points	2669
N Strips	0
X Bounds	-2.001e+01, 2.000e+01
Y Bounds	-6.480e-01, 4.024e+01
Z Bounds	-6.093e-01, 1.513e+01
N Arrays	0

これは pyvista.PolyData であり，事実上，点，線，面を含むサーフェスデータセットであることに注意してください．このデータセットを使って，すぐにプロットすることができます．

dataset.plot()

スタティックなシーン

インタラクティブなシーン

これはかなり基本的なプロットです． show_edges=True などのパラメータを追加したり， color を別の値に設定して色を変更することで，プロット方法を変更することができます．これらのことは，PyVistaのAPIドキュメントである pyvista.plot() に記載されていますが，ここでは別のデータセットを見てみましょう．これは体積のデータセットです．

dataset = examples.download_frog()
dataset

Header

Data Arrays

ImageData	Information
N Cells	31594185
N Points	31960000
X Bounds	0.000e+00, 4.990e+02
Y Bounds	0.000e+00, 4.690e+02
Z Bounds	0.000e+00, 2.025e+02
Dimensions	500, 470, 136
Spacing	1.000e+00, 1.000e+00, 1.500e+00
N Arrays	1

Name	Field	Type	N Comp	Min	Max
MetaImage	Points	uint8	1	0.000e+00	2.540e+02

これは pyvista.ImageData で，一貫した間隔を持つ一様な点の集合を含むデータセットです．このデータセットをプロットするとき，個々のセルを，そのセルに関連するデータの内容に基づいてプロットする，volumetric plottingを有効にするオプションがあります．

dataset.plot(volume=True)

スタティックなシーン

インタラクティブなシーン

ファイルから読み込む#

あなたの環境にアクセスできるのであれば，ファイルから直接データセットを読み込むことができます．これは，VTKがサポートしている多くのファイルフォーマットの1つであり，PyVistaが meshio のようなライブラリに依存できるように，サポートしていない多くのファイルフォーマットでもあり得ます．

以下の例では，VTKの鉄タンパク質データセット ironProt.vtk を pyvista.read() を使ってファイルからロードしています．

dataset = pv.read("ironProt.vtk")
dataset

Header

Data Arrays

ImageData	Information
N Cells	300763
N Points	314432
X Bounds	0.000e+00, 6.700e+01
Y Bounds	0.000e+00, 6.700e+01
Z Bounds	0.000e+00, 6.700e+01
Dimensions	68, 68, 68
Spacing	1.000e+00, 1.000e+00, 1.000e+00
N Arrays	1